基本的な使い方:ドラッグ&ドロップで完了

『携帯動画変換君』インストールとセットアップは問題なく完了できたかと思います。
後は、ソフトを起動して変換したいファイルをドラック&ドロップで完了。まぁ一応手順を追ってみましょうか。

【手順】
1.Setup.exeで、自分の持っているデバイスを選ぶ
2.3GP_Converter.exe を実行
3.出力先のディレクトリ(フォルダ)を選択する
4.ウィンドウの上部に変換したいファイルをドロップする
5.変換作業が始まるので、完了まで待つ

出力先のフォルダは、マイドキュメントの中など、自分の好きな場所を設定すれば良いですが、この機会に“/携帯機種名/mp3/”みたいな感じで、フォルダを作成しておくと、ファイルの整理が捗ります。
たぶん、複数台のモバイル機器を持っている方がほとんどだと思うので、「iPhone向けに変換したファイル」「ソフトバンクのケータイ向け」「アンドロイド端末向け」などに切り分けておくと、変換した後で混乱せずにすみます。

あと、環境によっては『携帯動画変換君』の作業進捗がわかりにくい場合があります。ちゃんと作業が進んでいるのか、ちょっとわかりにくい。
スペックの古いパソコンでは、変換している時に、ほかで起動しているソフトが重くなったりするケースもあるようです。どちらにしても、動画処理というのはメモリを食うので、全体的に処理が重くなりがちです。

そのため、できるだけシングルタスクで実行した方が良いかと思います。ブラウザで複数タブを立ち上げているなら、1ページだけに絞るとかですね。